Los humedales son ecosistemas naturales de limpieza de agua y su importancia en la sustentabilidad ambiental es reconocida en todo el mundo. Sin embargo, se hallan entre los sistemas más amenazados por la desecación, conversión, contaminación y sobrrexplotación. Su pérdida constituye un daño ambiental que debe ser evitado.

En el territorio mexicano, la superficie de humedales potenciales asciende a 125,010.84 km² y la superficie de humedales potenciales del Papaloapan es de 4,787.20 km², lo que representa el 3.83 por ciento.

Los humedales constituyen ecosistemas que brindan importantes servicios ambientales.

El IMTA, mediante un proyecto bianual, a solicitud del Instituto de Ecología A. C. y bajo auspicios del Fondo CONACYT-CONAGUA emprendió un inventario. Se establecieron los criterios hidrobiológicos para el uso sustentable y conservación de los humedales, a nivel nacional, mediante: mapas de uso de suelo y vegetación con base en imágenes de 1979 y 2003, un inventario de humedales en la cuenca, el balance de aguas superficiales y subterráneas, y la caracterización de los conflictos sociales por los humedales. Adicionalmente, se realiza el proceso de desarrollo metodológico para el cálculo del gasto destinado al mantenimiento y conservación de los humedales en la cuenca.